De eigenlijke handel in emissierechten staat los van de financiële handel errond, en gebeurt in de Europese registers voor broeikasgassen. De Europese Registerverordening en haar opeenvolgende herzieningen regelen de werking van de registers. De laatste – vijfde – versie van de Verordening werd door het Climate Change Committee van de EU Commissie goedgekeurd midden 2011, maar nieuwe versies zijn al gepland. De redenen voor de frequente herzieningen zijn onder andere de evolutie van de Richtlijn emissiehandel, het loskoppelen van de Kyoto-registers, de Europese consolidatie van de registers, de invoering van veilingen en de opname van de luchtvaart, en de noodzaak aan steeds striktere veiligheidsmaatregelen.

Het Belgische register behoort momenteel tot de best functionerende, meest gebruiksvriendelijke en sterkst beveiligde in Europa.

Vanaf 2012 zullen alle Europese registers echter worden geconsolideerd in één enkel register (het Union Registry), waarvoor de software en hosting geleverd zullen worden door de Europese Commissie. De nationale registeradministrateurs blijven echter verantwoordelijk voor het administratieve beheer van de rekeningen en voor de contacten met de gebruikers. Deze migratie vraagt een grote inspanning, niet alleen van de Commissie en de lidstaten maar ook van de gebruikers die zullen moeten wennen aan een nieuw systeem.